A partir de 1964 la Fuerza Aérea se comprometió en la lucha contra las guerrillas comunistas. Durante esta primera fase, los insurgentes utilizaron en poblaciones apartadas, tácticas como: emboscadas, asaltos rápidos y sorpresivos, así como, otros actos delincuenciales; atacando cuando las circunstancias le eran absolutamente favorables y retirándose a sus santuarios en la selva, tan pronto como les era posible. Debido al tipo de confrontación donde los objetivos militares no estaban claramente definidos, la Fuerza Aérea concentró su capacidad especialmente en el transporte de personal y abastecimientos, y eventualmente, en ataques a campamentos guerrilleros y apoyo de fuego a las tropas de superficie.

La migración humana y cultural del campo a la ciudad, que se había acelerado por la violencia generó en la década de los setenta, un aumento considerable de la producción y comercialización de estupefacientes como consecuencia de la demanda en el mercado internacional. La actividad del narcotráfico tiene sus raíces en la época de la colonia con la aparición de dos economías: una legal y otra ilegal, y de un nuevo tipo de violencia, en la cual los grupos sociales emergentes, vinculados al tráfico de marihuana y cocaína comenzaron a financiar grupos de justicia privada. Esta violencia se desarrolló especialmente en regiones afectadas por débiles lazos de cohesión social, poca presencia del Estado, precaria infraestructura vial, ausencia de canales adecuados de comercialización, y altos costos de producción; factores que convirtieron estas regiones en espacios ideales para el florecimiento de actividades ilícitas, de las cuales usufructuaron los grupos guerrilleros para fortalecer su capacidad terrorista.

En este escenario de conflicto la Fuerza Aérea Colombiana ha participado activamente en la defensa de la soberanía nacional y en el restablecimiento del orden público, cumpliendo misiones de combate, interdicción aérea, inteligencia, enlace, transporte de material y personal, búsqueda, evacuación y rescate, entre otras, principalmente en: los Llanos Orientales, Magdalena Medio, Urabá, El Pato, Río Chiquito, La Uribe, Anorí, Villarrica y Sumapaz. Entre las ciudades y regiones en las cuales la Fuerza Aérea ha hecho presencia humanitaria en apoyo por desastres naturales, se cuentan: Popayán, Tumaco, Quibdó, Armero, Villavicencio, Eje Cafetero y Región del río Páez.

Durante la segunda mitad del siglo XX, la Institución adquirió diversas aeronaves para hacer frente a la amenaza narcoterrorista y a las diferentes necesidades del país. Para entrenamiento se adquirieron de Estados Unidos aviones Rawdon T-1, Mentor T-34A, Silver Star T-33, Mescalero T-41D, Tweet T-37C y de Brasil los Tucano T-27. En aeronaves de combate, además del Mirage 5 francés, el Invader B-26, el Shooting Star F-80, el Dragonfly A-37B, el Fantasma AC-47 y el Bronco OV-10A de Estados Unidos; el Sabre Mark IV F-86 canadiense y posteriormente en versión norteamericana; de Israel se incorporó el Kfir C-2 modernizado después a la versión C-7, y de Argentina el Pucará IA-58. Para operaciones helicoportadas la Institución ha operado los Huskie HH-43, Iroquois UH-1B, posteriormente reemplazados por los UH-1H y Huey II, también los Twinpack B-212 y B-412, Defender MD-500 y 530, y los sofisticados y poderosos Black Hawk UH-60A/L, todos ellos adquiridos en Estados Unidos. Para misiones de transporte se adquirieron en el mismo país los siguientes equipos: Skytrain C-47, Skymaster C-54, Hércules C-130 y Citation II 550; de Holanda el Fellowship F-28; de España los Aviocar C- 212 y Nurtanio CN-235; de Corea el Stratolifter B-707, así como de Brasil el Bandeirante C-95, lo que ha implicado un continuo proceso de capacitación para el personal de la Institución, y la modernización de su infraestructura.

En 1951 se creó el Instituto Militar Aeronáutico para la capacitación de Oficiales subalternos; en 1954 inicia actividades la Base Aérea de Helicópteros en Melgar, Tolima como escuela de helicópteros; para impulsar el desarrollo de la actividad aeronáutica en el país nace en 1956 la Corporación de la Industria Aeronáutica Colombiana, CIAC; en 1959, con la inauguración del aeropuerto Internacional El Dorado, se da vida a la Base Aérea de Transporte Militar, que en 1963 pasó a sus actuales instalaciones en la Base Aérea “Brigadier General (h) Camilo Daza, sede del Comando Aéreo de Transporte Militar, CATAM; en 1962, con el fin de integrar económica y socialmente a las regiones más apartadas del país surge el Servicio Aéreo a Territorios Nacionales, SATENA.

Así mismo, en 1977, en atención al restablecimiento del orden público, en apoyo a las operaciones terrestres, y para ejercer el control del espacio aéreo de la costa norte colombiana, se creó en Malambo, Atlántico, el Grupo Aéreo del Norte, actualmente Comando Aéreo de Combate No. 3. El Grupo Aéreo del Caribe, GACAR, localizado en San Andrés, nació en 1979 para defender la soberanía nacional sobre el archipiélago de San Andrés y Providencia, ante las pretensiones de Nicaragua. Con el fin de ejercer mayor control en el espacio aéreo de la región oriental del país surge en 1983 la Base Aérea de Marandúa, en Vichada, sede del Grupo Aéreo de Oriente. Finalmente, en 1990 se activa la Base Aérea de Ríonegro, Antioquia, centro de operaciones de los helicópteros Black Hawk UH-60, actualmente Comando Aéreo de Combate No. 5.

Es a partir de 1990 cuando la Fuerza Aérea entra en una etapa de significativas y positivas repercusiones para el país, representadas en los procesos de adquisición de aeronaves y sistemas de armamento, capacitación de personal y modernización de la infraestructura, que la condujeron a una profunda transformación de la doctrina, las capacidades y el liderazgo.

Los últimos 15 años, caracterizados por la reestructuración institucional, los avances tecnológicos, la excelencia del talento humano y la conducción de exitosas y contundentes operaciones aéreas han llevado a la Fuerza Aérea a ocupar un sitial de privilegio entre las instituciones del Estado, convirtiéndola en una arma decisiva a la hora de defender a los colombianos de los ataques narcoterroristas, mediante la aplicación certera y letal del poder aéreo, facilitando la transición hacia un futuro de progreso y seguridad.