El compromiso con el medio ambiente del Comando Aéreo de Combate No. 6 ha sido decisivo en su trayectoria; muestra de ello son las diferentes misiones que realiza desde sus aeronaves para mitigar diferentes fenómenos como la deforestación y la minería ilegal.
Una de sus misiones más destacadas ha sido el estudio del comportamiento en alturas de diferentes tipos de semillas con la capacidad de germinar por medio del método de aspersión aérea, con el fin de sembrar vida y disminuir el impacto ambiental que diversos actos ilegales provocan a la naturaleza.

