Los efectos de la actividad minera a cielo abierto, que ha generado efectos negativos en la naturaleza; la deforestación, sobre todo en la parte alta de la Sierra Nevada de Santa Marta y la serranía del Perijá, que repercute en la disminución del caudal de los ríos; y la contaminación del río Cesar por el vertimiento de aguas residuales, son las principales problemáticas ambientales que aquejan al departamento.

